R Package Installation

Linux 下 R 包安装和提速方法，整理镜像、并行安装和路径问题。

install.packages()
- 提高 R 包安装速度的方法
BiocManager：BiocManager::install()
Github devtools：devtools::install_github('satijalab/seurat-data')

Quick Start

`install.packages()`

install.packages("tidyverse",  # 此处填入需要安装的R包
				 Ncpus = 6, 
				 repos = c(PkgMgr = "https://packagemanager.rstudio.com/all/__linux__/focal/latest"), 
				 lib = "/home/gmq/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2")

Linux上加速R包的安装

在 Windows 上使用 install.package() 的时候下载的R包是经过编译的二进制文件，因而安装过程十分迅速
在 Linux 上，R包却是未经编译的，因而安装过程中需要先编译，而编译过程往往需要耗费大量的时间。

所以每次都红一大片而且很慢

以ggsc这个包为例，运行BiocManager::install("ggsc") 命令进行安装，经过测试，大约需要半个小时才能编译完成。最后还因为某些包版本不兼容的问题，没有安装上。

提高 R 包安装速度的方法

【推荐】并行安装：由于一个包往往会有许多依赖项，因而如果能同时安装这些依赖项，那么将会大大提高安装效率。可以通过设置 install.package() 中的参数 Ncpus 来指定安装时使用的cpu数

1 2	install.packages("tidyverse", Ncpus = 6) # 相比使用1个cpu，使用6个cpu时耗费的时间将减半。

【推荐】RStudio软件包管理器（RSPM）为Ubuntu、CentOS等Linux系统提供了CRAN软件包的预编译二进制包。因此可以考虑修改下载源：

1	options(repos = c(PkgMgr = "https://packagemanager.rstudio.com/all/__linux__/focal/latest"))

这样，当使用 install.package() 时候，就会从上述rstudio的镜像获取包并安装。

【不推荐】如果Linux的发行版本是Ubuntu，那么可以通过apt install来安装二进制R包

1 2	sudo apt install r-cran-dplyr # 存在2个问题：一个是需要root权限(我没有)，另外一个是R包的更新不及时且不是所有的R包都能通过这种方式安装

Q: BiocMannager 找不到镜像

bioconductor有新的镜像选择啦（西湖大学）-腾讯云开发者社区-腾讯云
发现尽管设置了镜像，但如果使用的是较低的版本，仍不能成功
一个手动的解决策略：
- 对于不能下载成功的 R 包，复制其下载地址
- wget URL，这样可以手动同时多下载几个

Q: 找不到已安装的包

总结描述：在自己的包里装了，运行Rstudio的时候也改.libPath到指定位置了，但就是找不到
解决：.Renviron / Rconfig 把我的.libPath链接走了，删了就正常了